水源地生態研究会は、研究会全体を統合する会長のもと、ダム湖生態系研究部会，ダム下流生態系研究部会，新技術・データ管理研究部会の３つの研究部会により研究が進められています。研究部会間では，必要に応じて共同研究が行われ、また、研究部会間の人材交流，情報の交換、データの共有が行われます。

研究会には、研究活動や研究会の運営に助言する研究顧問を置いています。事務局は、一般財団法人水源地環境整備センターが務め、運営にかかわる庶務や研究のサポートを、研究資金提供を行います。

　また、一般財団法人水源地環境センターが実施する「WEC応用生態研究助成」の完了研究のうち、研究会の目的に合致し、将来的に発展が見込まれる研究について、水源地生態研究会の研究部会と連動して最大2年間研究を行う「萌芽研究」制度を設けています。